臺灣中小企業銀行的組成包含：股東會、董事會、董事長、總經理、總稽核、總行法令遵循主管、副總經理，下轄7大主要部門，包含：法令遵循事務、行政管理中心、風險管理中心、營運發展中心、財務運籌事業群、企業金融事業群、個人金融事業群。此外，亦計設有17個委員會，包含：審計委員會、薪資報酬委員會、永續發展委員會、數位轉型委員會、問責委員會、風險管理委員會、資產負債管理委員會、經營管理委員會、法令遵循暨防制洗錢及打擊資恐委員會、人工智慧治理發展委員會、個人資料保護管理委員會、授信審議委員會、逾期放款清理委員會、信託財產評審委員會、人事評議委員會、資訊策劃發展委員會、資通安全管理委員會。